「アプリケーション設定」メニューの表示には、 Salesforceのプロファイルで「システム管理者」の権限が必要です。

また、名称で判断をするため、Salesforceのプロファイルでシステム管理者とまったく同じプロファイルをカスタムプロファイルとして作成し、割り当てた場合も「アプリケーション設定」メニューは表示されませんので、ご注意ください。